原文 全訳版

All the Sourcing Not Fit To Print*
Citing Electronic Material in Your Article

Jean Rice, BA

(CHEST 2008; 133:1524–1526)

Key words: citations; electronic publications; peer review

Abbreviations: DOI = digital object identifier; PAP = publish
ahead of print; URL = uniform resource locator (Web address)

As the Internet, and the World Wide Web in particular, become an increasing part of medical literature, it is necessary for authors to learn how to correctly cite many types of material that only exist online. Even though the conventions for citing are in flux, some standards are being developed, and authors should become familiar with the types of online material typically used as sources in medical literature. This article will discuss how to cite material that is in electronic form.


Nonprint Material Associated With
Journals

The most familiar type of citation for authors is the standard journal article. Over the years, an article from a print journal has become the “warhorse” citation; the standard elements of author(s), title, journal name, year, volume, and page ranges have served to enable other researchers to quickly and reliably retrieve articles whether in print or online. In addition, because journals developed reputations for quality and expertise based on the peer review system, the imprimatur of an article published in a particular journal provides an approach for users searching the literature to evaluate it.

As we move into a world where material is posted online and needs to be cited, those same elements are still needed: a reliable way to cite material, the knowledge that the material will be there for those who look for it, and the conviction that a trusted source has vouched for the accuracy of the data and the quality of the analysis. When authors prepare manuscripts, material should not be cited from online sources unless all of these criteria can be met.

By now, most medical journals have duplicated their content one way or another online. Many journals, such as CHEST, are presented on the HighWire Press platform. This division of Stanford University Libraries (Palo Alto, CA) has standardized the presentation of close to 2 million full-text articles. Users may read articles that appear in the print journal both as hypertext markup language (with links to cited references and other sources) and portable document format files that duplicate the print version of the article. Other journals use platforms with many of the same features (eg, Science Direct from Elsevier Publishers). Organizations such as HighWire Press provide search engines for publishers and across the collection of journals they administer, work with indexing providers such as PubMed and the Institute of Information Web of Science to link full text to searches on those services, and provide links to references and other types of information from individual articles.

During the last decade, publishers and technology suppliers such as HighWire Press have been able to build on this infrastructure to develop alternative and supplemental versions of articles that have been requested of researchers. Here are some common types of electronic articles associated with journals.

Publish Ahead of Print

Many publishers, including CHEST, now post accepted articles on their Web sites immediately or soon after publication so that research can be disseminated rapidly. These publish ahead of print (PAP) articles are not the final version. These articles are typically incorporated into search engines such as PubMed and the HighWire Press search engine almost immediately.

The mechanism by which the different versions of articles are coordinated is the assignment of the digital object identifier (DOI), which you will now see on many articles (eg, 10.1378/chest.07-0617). For publishers, each DOI begins with “10.XXX/”, where 10 means it is a publication and XXX is the code for the journal; the code for CHEST is 1378. Each journal may create its own convention for assigning the rest of the DOI. This DOI stays with an article no matter how many versions are posted. If you provide the reader with a DOI of an article, (s)he can search for the most recent version of an article by DOI.

How should an author handle the citation of a PAP article? The short answer is to avoid it. Even though there have been rumblings in the scientific publishing world that DOI should replace the more prevalent year-volume-page range information, most readers, publishers, and search engines still prefer the latter in searching. The citation from the paginated article is a signal to readers that the final copyedited and proofed version is available. If you have referenced a PAP article, you should continue checking throughout the peer review and publication process to see if the final paginated data are available.

When you need to cite a PAP, the most recent AMA Manual of Style1 recommends the following style (as an example):

8 Arzt, M, Wensel R, MTalvan S, et al. Effects of dynamic bilevel positive airway pressure support on central sleep apnea [published online ahead of print October 20, 2007]. Chest. doi:10.1378/chest.07-1620 If you are citing a PAP paper that does not have a DOI or whose DOI you do not know, follow this format as an example:

5 Schmodt S, Schuhegger R, Wendler T, et al. Molecular evidence of a nosocomial Pneumocystis jirovecii transmission among 16 patients after kidney transplantation. J Clin Microbiol 2008 January 23 [epub ahead of print]

The current AMA Manual of Style1 provides more detail on other variations of PAP articles.

E-Pages and E-Publications for Journals

A number of journals, such as Pediatrics, routinely publish articles only in electronic form. The reasons for electronic-only publishing vary, and readers should not assume that an article published by a reputable society or publisher that is not in print form is of lesser quality. The reasons can range from economic to a stated preference by readership for more rapid availability to an option granted to the author. Third parties also routinely index these articles. Here is a sample of a recommended format1 for citing an e-publication that has been paginated.

9 Zecca E, De Luca D, Baroni S, et al. Bile-induced lung injury in newborn infants: a BAL fluid study. Pediatrics 2008; 121:e146 e149 doi:10.1542/peds.2007-1220 Note that CHEST would consider the addition of a DOI optional in articles that have e-pages.

Some journals do not paginate e-publication type articles (for example, Cochrane Database of Systemic Reviews). The sample provided immediately above applies, except that one should add the article number in place of the e-page numbers (eg, Ram FS, Rodriguez-Roisin R, Granados-Navarrete A, et al. Antibiotics for exacerbations of COPD. Cochrane Database Syst Rev 2006; CD004403).

Other Types of Electronic Articles

Some journals have developed hybrid types of electronic publishing; one example is “electronic long print short.” In this format, the longer, more detailed article is published online and a shorter version is provided in the print issue of the journal. More details are available on how to cite these other versions of electronic articles.1 One should cite the version of the actual material you reference; that is, if the information comes from the short, print version, cite that. If one looked at the longer, online version, cite this version.

E-Letters and Postpublication Peer
Review

Many journals allow readers to comment on articles directly online. This material may be termed e-letters or postpublication peer review. In contrast to PAP articles or e-publications, such material, although typically vetted before posting, is not peer reviewed in the traditional sense. Consequently, these letters and comments are not indexed and are not covered by search engines. Here is a sample of how to cite such material:

6 Resta O, Carratu` P. Bi-level positive airway pressure ventilation inOHS[e-letter]. Chest 2007; 131:1678 1684. Available at: http://www.chestjournal.org/cgi/eletters/131/ 6/1678. Accessed January 15, 2008

In the above sample, the authors and title are of the e-letter, the print pagination refers to the original article, and the Internet address is a direct link to the commentary. As is customary in citing Web sites directly, the date of the last access should be provided.

Data Supplements

To cite the material in a data supplement, first cite the article per the journal style, followed by the Web address uniform resource locator (URL) that directly links to the supplemental material, and finally the access date. Authors are advised to routinely monitor the information for authors provided by the journal to which they are submitting because guidance is continually under review.

Electronic Material From Other Sources

Web Sites
For background sources that change frequently, it is acceptable for provide the URL for a Web site, but this should be done in text, and not added to reference list. References should be limited to static material.

General News Sources
Scientific articles occasionally need to cite material from general news sources such as online newspapers. It is acceptable to cite the URL followed by the date you last accessed the article (eg, Altman, LK. Progress slows in detection of new TB cases. New York Times, March 18, 2008. Available at: http://www. nytimes.com/2008/03/18/health/18tb.html?refhealth Accessed March 23, 2008).

Take-Home Lessons
When referencing material from a journal that is not a traditional article, do the following:

  1. be sure that you provide enough information to ensure that other readers can find the article;
  2. use the same standards for online-only information that you use for print information; readers should be sure that the information is of the same quality of print sources;
  3. if you cite a PAP article, try to update the citations to provide readers with the most current information;
  4. do not provide a URL as the only citation information; try to provide at minimum either publication information or a DOI.

Reference

  1. JAMA and archives journals. AMA manual of style: a guide for authors and editors, 10th ed. New York, NY: Oxford University Press, 2007; 63–67

*From the American College of Chest Physicians, Northbrook, IL. Jean Rice is Managing Editor of CHEST.

The author has no conflict of interest to disclose.

Manuscript received January 25, 2008; revision accepted March 22, 2008.

Reproduction of this article is prohibited without written permission from the American College of Chest Physicians (www.chestjournal. org/misc/reprints.shtml).

Correspondence to: Jean Rice, BA, American College of Chest Physicians, 3300 Dundee Rd, Northbrook, IL 60062; e-mail: jrice@chestnet.org

DOI: 10.1378/chest.08-0234

Citing Electronic Material in Your Article
オンラインの文献を引用する

Jean Rice, BA

(CHEST 2008; 133:1524-1526)

インターネット(ウェブサイト)が医学文献でも大きな役割を担うようになった現在、論文を執筆する著者は、オンラインにしかないさまざまな資料を、いかに適切に文献リストに記載するかを習得する必要がある。決まった引用のノウハウはないが、いくつかの標準はできつつあるので、オンラインの医学文献の引用源としてよく利用されるものについて、知っておく方がよいだろう。本稿では、電子版の文献をいかに引用すべきかについて論じる。

ジャーナル関連の「印刷物でない」コンテンツ

著者にとって最もなじみがあるのは、一般的なジャーナル論文を文献リストに記載することである。伝統的に、印刷版ジャーナルの論文をリストに記載するのがオーソドックスな方法であり、つまり、著者、題名、ジャーナル名、出版年、巻数、ページ範囲、といった標準的な項目を記載することで、他の研究者は、冊子であれインターネットであれ、素早く確実に論文を検索することができる。それに加え、ジャーナルは、ピアレビュー制度によってその質と専門性の高さを保証されているため、ある特定のジャーナルに掲載されていること自体が、文献を評価しようとしている利用者にとって一つの指標となる。

文献リストに記載する情報がオンライン上に掲載されるようになった現在でも、上に挙げたのと同じ要素――文献リストへの記載方法が正確であること、文献を探す人のための情報を含んでいること、そしてデータの正確性と分析の質が保証された、信頼できる情報源であることを確認すること――は、なお必要である。著者が原稿を執筆する際は、上記の要素がすべて満たされていない限り、オンラインの文献を引用すべきではない。

現在、ほとんどの医学ジャーナルは、その内容を何らかの形でオンライン上に掲載している。CHESTを含め多くのジャーナルが、HighWire Pressの提供するプラットフォームに属している。このHighWire Pressは、スタンフォード大学図書館(カリフォルニア州パロ・アルト市)の一部門であり、ここでは、200万件近くのフルテクスト論文を共通の方法で公開している。利用者は、印刷版に掲載されているのと同じ論文を、html形式(記載されているリファレンスや他のソースへのリンクも含めて)またはpdfファイルの、いずれの方式でも読むことができる。他のジャーナルも、多くの同じような特徴を持つプラットフォームを利用している(例えば、Elsevier Publishersは、Science Directを利用)。HighWire Pressなどの事業者は、出版元のために自身の管轄するジャーナルを網羅した検索エンジンを構築し、PubMedやInstitute of Information Web of Scienceといった文献検索の事業者と提携してフルペーパーへのリンクを提供し、また、各論文のページに参考文献やその他有益な情報へのリンクを設置している。

研究者からの、論文の代替や補足となるコンテンツを開発して欲しい、という要望に応えて、この10年ほどで、出版社やHighWire Pressなどの技術提供者はこうしたインフラを整備してきたのである。

以下、ジャーナル関連の電子論文に一般的な、いくつかのタイプについて説明する。

publish ahead of printの論文

CHESTを含む多くの出版社は、研究を早く広めることができるよう、採択した論文は、採択と同時または直後にウェブサイトに載せる。このような、publish ahead of print(PAP)の状態にある論文は最終版ではない。しかし、PAPの論文は、ふつう、PubMedやHighWire Pressのような検索エンジンにはすぐに組みこまれる。

異なるバージョンのドキュメントの管理はデジタルオブジェクト識別子(DOI)を利用して行われ、今は多くの論文にその記載がある。一例として「10.1378/chest.07-0617」という識別子で説明すると、出版社の場合、それぞれのDOIは、「10.XXX/」で始まるが、ここでの「10」は出版物であることを表し、また「XXX」は、ドキュメントの所有者固有のコードを示す。ちなみに1378はCHESTのコードである。DOIの後半部分については、それぞれの出版社が独自に決めてよいことになっている。DOIは、同じ論文であれば、たとえ何回バージョンが変っても常に変わることはないので、論文のDOIさえわかれば、読者はその論文の最新バージョンを探し当てることができる。

それでは、著者はどのようにしてPAPの論文を文献リストに記載すればよいのだろうか。最も簡単な答えは「そういうことは避ける」ことであろう。科学出版界には、出版年、巻、ページ範囲という普及した情報の代わりにDOIを用いるべきだ、という動きがあるが、読者や出版社や検索エンジンのほとんどは、検索には未だに従来の方法を用いる方が好ましいと考えている。冊子のページ数の入った論文を文献リストに記載するということは、読者にとってみれば、編集・校正された最終版を入手できる、という意味合いをも持っている。したがって、もしPAPの論文を文献リストに載せる場合には、ピアレビューや出版に至るまでの間、最終版になったかどうかを絶えずチェックしなければならない。

最新のAMA Manual of Styleは、PAP論文を文献リストに記載する必要がある場合、一例として次のような方法を推奨している。

8 Arzt, M, Wensel R, Talvan S, et al. Effects of dynamic bilevel positive airway pressure support on central sleep apnea [published online ahead of print October 20, 2007]. Chest. doi:10.1378/chest.07-1620

DOIがついていないか、あるいはDOIがわからないPAP論文を引用する場合には、次のようなフォーマットに従うべきである。

5 Schmodt S, Schuhegger R, Wendler T, et al. Molecular evidence of a nosocomial Pneumocystis jirovecii transmission among 16 patients after kidney transplantation. J Clin Microbiol 2008 January 23 [epub ahead of print]

最新版のAMA Manual of Style1では、PAP論文の他のバリエーションについても、より詳細に解説しているので、必要に応じて参照されたい。


ジャーナルのE-PAGES とE-PUBLICATIONS

Pediatricsなど多くのジャーナルは、電子版でしか定期的に論文を発表していない。その理由は多岐にわたり、読者は、評判の良い学会や出版社が印刷版を出していないからといって、論文の質が悪くなったとは考えるべきではない。電子版にしている理由は、経済的な事情であったり、読者層からの、より迅速に入手したいという要望であったり、著者が自由に選択できる場合であったりとさまざまである。第三者もまた日常的にこれらの論文を索引の中に入れている。ページの付いた電子出版物を引用する際に推奨されるフォーマットの例を下記に示す。

9 Zecca E, De Luca D, Baroni S, et al. Bile-induced lung injury in newborn infants: a BAL fluid study. Pediatrics 2008; 121:e146-e149 doi: 10.1542/peds.2007-1220

ちなみにCHESTは、電子ページのついている論文には、DOIを付けても付けなくてもよいと考えている。

電子出版の論文にはページを付けないジャーナルも中にはある。(例えば、Cochrane Database of Systemic Reviews)。記載方法は、電子ページ番号の代わりに論文番号を加えるという以外は上記と同様である(例えば、Ram FS, Rodriguez-Roisin R, Granados-Navarrete A, et al. Antibiotics for exacerbations of COPD. Cochrane Database Syst Rev 2006; CD004403)。

他のタイプの電子論文

ハイブリッド型とでもいうべき、電子版を展開しているジャーナルもいくつかある。その一例が、「電子版は長く、印刷版は短く」というものである。この方式をとっている場合、長めで詳細な論文はオンライン版で、短めのものは印刷版で出版される。このような、その他のタイプに分類される電子論文を文献リストに載せる方法については、詳細を知ることが可能である1。referenceに含める際には、実際に参照した文献のタイプを記載しなければならない。つまり、もし情報が短い印刷版のものであれば印刷版の、もし長めのオンライン版のものであれば、オンライン版の情報を記載するということである。

電子レターと出版後ピアレビュー

多くのジャーナルは、読者の論文へのコメントを直接オンライン上で受け付けている。これは、e-letters(電子レター)またはpostpublication peer review(出版後ピアレビュー)と呼んで良いだろう。これらは、PAP論文や電子出版物と比べて、概ね掲載前にその内容が厳密に審査されるとはいえ、伝統的な意味でのピアレビューとは異なる。従って、これらのレターやコメントは目次等には含められず、検索エンジンでもヒットしない。これらを引用する際は、例えば次のようにする。

6 Resta O, Carratu P. Bi-level positive airway pressure ventilation in OHS [e-letter]. Chest 2007; 131:1678-1684.
Available at: http://www.chestjournal.org/cgi/eletters/131/6/1678.
Accessed January 15, 2008

上の例では、[e-letter]が著者と題名であり、印刷ページ番号が原著論文にあたり、インターネットのアドレスにアクセスすれば直接コメントにたどり着く。ウェブサイトを直接文献リストに記載する際の慣例として、最終アクセス日を記載しなければならない。

補遺データ

補遺データの内容をリストに記載する際は、まず初めに、ジャーナルごとに決められたスタイルで元の論文を記載し、次に、直接補遺データにリンクするURLを、最終アクセス日とともに記載する。ジャーナルは絶えずガイドラインの見直しを行っているため、著者は投稿中のジャーナルの投稿規定を定期的にチェックすることが求められる。

その他の電子文献

<ウェブサイト>
情報源が頻繁に更新される場合、ウェブサイトのURLを記載することが認められているが、それは本文中で行われなければならず、文献リストに含めてはならない。referenceとして認められているのは確定した文献だけである。

<一般のニュースソース>
科学論文は、時に、オンラインニュースなど、一般のニュースソースから資料を引用する必要がある。そのような場合、URLに続き、その記事への最終アクセス日を記載する。(例えば、Altman, LK. Progress slows in detection of new TB cases. New York Times, March 18, 2008. Available at: http://www.nytimes.com/2008/03/18/health/18tb.html?ref=health Accessed March 23, 2008)

Take-Home Lessons

従来型のものではない論文をジャーナルから引用する際には、次のようにする。

  1. 読者がその論文を見つけられるように十分な情報を確実に提供すること。
  2. オンライン専用の情報であっても、印刷版の時と同様の基準で情報を提供すること。そうすることで読者は、その情報が印刷版と同様の質であることを確信できる。
  3. publish ahead of printの論文を文献リストに記載する際には、文献情報を常に更新し、読者に最新の情報を提供するようにすること。
  4. URLだけを引用情報とはしない。少なくとも出版情報またはDOIを記載するように努めること。

REFERENCE

1 JAMA and archives journals. AMA manual of style: a guide for authors and editors, 10th ed. New York, NY: Oxford University Press, 2007; 63-67


(訳:仲野小絵、J. パトリック・バロン)

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